Embora a auditoria contábil seja um eficiente instrumento para o controle organizacional, encontra suas limitações no momento em que as inconsistências detectadas assumem um caráter não contábil, ou seja, abrangem, além dos controles patrimoniais, outros aspectos, tais como fatores extraordinários relativos à produtividade operacional. Essas limitações não significam que a auditoria contábil é falha ou pouco confiável, pelo contrário, quando realizada de acordo com os princípios que a regem, ela se torna um instrumento eficiente de avaliação dos controles internos e de controle da situação patrimonial.